Это была крупная политическая ошибка Сталина с далеко идущими последствиями и в отношении народов Прибалтики. Когда Прибалтийские республики объявили себя социалистическими государствами, союзными СССР, это было объяснимо и понятно в ситуации 1940 года. Но вступление их в состав Советского Союза, поспешное внедрение модели сталинского социализма осложнили внутриполитическую ситуацию. Негативные последствия этих процессов сказываются в Литве, Латвии, Эстонии и в наши дни.
Встал также вопрос об укреплении юго-западных границ СССР. Антисоветская политика правительства Румынии ни для кого не являлась секретом. Во время советско-финляндской войны румынская печать пропагандировала англо-французские планы завоевания Кавказа. Король Румынии Кароль II, посетив в январе 1940 года Бессарабию, заявлял, что и Одесса является исконно румынским городом. Румынское правительство возлагало большие надежды на поход западных держав против СССР. В начале 1940 года была усилена группировка румынских войск в Бессарабии и Буковине.
С весны 1940 года произошла полная переориентация правящих кругов Румынии на Германию. Румынское правительство обратилось к Германии за помощью в строительстве укреплений вдоль Днестра, демонстративно провело мобилизацию более 1 млн. резервистов, увеличило военные расходы. 19 апреля Коронный совет Румынии под председательством короля выразил готовность к военному конфликту с СССР в случае, если он потребует возвращения Бессарабии. 29 мая между Румынией и Германией был подписан договор, по которому за поставки румынской нефти в Третий рейх Германия обеспечивала Румынию современной военной техникой и вооружением.
Поспешность, с которой происходило подчинение Румынии фашистской Германии, делала весьма вероятным превращение гитлеровцами в плацдарм для нападения на СССР румынской территории, а также Бессарабии и Северной Буковины, которые были оккупированы Румынией в 1918 году. Советский Союз никогда не признавал аннексию Румынией этих территорий. Дело в том, что Бессарабия вошла в состав России еще в 1812 году, то есть задолго до образования государства Румыния. Что касается Северной Буковины, то СССР исходил из того факта, что в ноябре 1918 года Народное вече Буковины приняло решение о воссоединении с Советской Украиной. Правительство Советской Украины тогда не признало румынской оккупации Буковины и заявило, что использует все средства, чтобы освободить ее от румынского владычества.
В создавшейся к лету 1940 года обстановке Советское правительство потребовало незамедлительно решить бессарабский вопрос, чтобы обезопасить юго-западные границы страны и вернуть бессарабское население и территорию в состав СССР. В беседе с германским послом в Москве графом Шуленбургом 23 июня 1940 года В. М. Молотов сообщил, что если Румыния «не пойдет на мирное разрешение бессарабского вопроса, то Советский Союз разрешит его вооруженной силой. Советский Союз долго и терпеливо ждал решения этого вопроса, но теперь дальше ждать нельзя», и подчеркнул, что Советское правительство считает этот вопрос чрезвычайно срочным. Через три дня Советское правительство передало румынскому правительству ноту. В ней говорилось: «Советский Союз считает необходимым и своевременным в интересах восстановления справедливости приступить совместно с Румынией к немедленному решению вопроса о возвращении Бессарабии Советскому Союзу. Правительство СССР считает, что вопрос о возвращении Бессарабии органически связан с вопросом о передаче той части Буковины, население которой в своем громадном большинстве связано с Советской Украиной как общностью исторической судьбы, так и общностью языка и национального состава».
Правительство Румынии, желая выиграть время и затянуть решение бессарабского вопроса, дало уклончивый ответ на эту ноту, согласившись лишь на ведение переговоров по этому поводу. Тогда Правительство СССР в ноте от 27 июня потребовало вывести румынские войска с «территории Бессарабии и Северной Буковины в течение четырех дней, начиная с 14 часов по московскому времени 28 июня». Попытки румынского правительства заручиться поддержкой Германии не имели успеха. В Берлине не отрицали правомерность советских требований на Бессарабию, но резко возражали против присоединения к СССР Северной Буковины, даже не входившей в состав России или СССР. Вступление советских войск на эту территорию противоречило гитлеровским планам антисоветской войны. Это вызвало у германского руководства озабоченность. В то же время оно стремилось не допустить в тот момент военных действий между Румынией и СССР, так как это поставило бы под угрозу нефтяные источники Румынии, так необходимые Германии для ведения войны. Поэтому, когда румынский король обратился с просьбой оказать военную помощь в конфликте с СССР, германское правительство официально посоветовало Румынии уступить, сопроводив устным советом «пока уступить», намекая на скорую войну против Советского Союза и компенсацию Румынии за счет советских земель. Вечером 27 июня Коронный совет Румынии принял советские предложения о немедленном урегулировании бессарабского вопроса и передаче СССР Северной Буковины.
28 июня части Красной Армии вступили на территорию Бессарабии и Северной Буковины.
К исходу 30 июня вся территория Бессарабии и Северной Буковины была освобождена, и государственная граница СССР была установлена по рекам Прут и Дунай. Эта граница была признана США, Великобританией и другими государствами антигитлеровской коалиции, участвовавшими вместе с СССР в 1947 году в подписании мирного договора с Румынией.